依據菲國移民局(Bureau of Immigration, Republic of the Philippines)之轉機規定，不是菲律賓給予免簽證待遇國家的旅客在菲國機場轉機時必須事前申請72小時之轉機簽證（transit visa；註記9B），沒有申辦轉機簽證的旅客，必須由航空公司負責協調菲國移民局機場官員及機場安全人員，共同戒護旅客辦理轉機手續，一直到進入機場管制區等候下一航程之班機。

各航空公司基於成本考量以及彼此間有無合作默契或協定，對於是否提供沒有菲律賓轉機簽證的旅客協助轉機之服務，作法不一。旅客於訂位時必須表明轉機需求及有無轉機簽證，並確認第一段航班之航空公司提供該項服務。旅客在報到櫃檯劃位時，必須出示下一段航班之機票並再確認轉機需求，抵菲後由搭乘之航空公司協助轉機。

由於臺、菲間飛航之若干航空公司，並不提供不同航空公司間之轉機服務，國人如果沒有轉機簽證，卻搭乘飛機經過菲律賓轉搭不同航空公司班機到其他國家，將無法順利登機。為避免造成屆時無法轉機困境，國人如果要在菲律賓轉機，建議事先辦妥轉機簽證或與所搭乘之航空公司確認有提供轉機服務，以免影響及延誤行程。