ไต้หวันกับฟิลิปปินส์มีสายสัมพันธ์ที่ลึกซึ้ง สามารถสืบย้อนกลับไปถึงยุคการอพยพของกลุ่มชน ที่พูดภาษาตระกูลออสโตรนีเซียน หลักฐานทางโบราณคดีในอดีต ได้เสนอแนวคิดเรื่องไต้หวัน เป็นแหล่งกำเนิดภาษาตระกูลออสโตรนีเซียน นักวิชาการค้นพบเส้นทางการอพยพของกลุ่มคนเหล่านี้ ซึ่งเริ่มต้นจากไต้หวัน โดยออกเดินทางไปยังหมู่เกาะฟิลิปปินส์ก่อน แล้วมุ่งหน้าลงใต้ไปยังบริเวณเกาะบอร์เนียว จากนั้นจึงแยกเป็นสองเส้นทาง ทางทิศตะวันออกมุ่งสู่มหาสมุทรแปซิฟิก ส่วนทางทิศตะวันตกมุ่งไปยังมหาสมุทรอินเดีย