Hubungan antara Taiwan dan Filipina terjalin erat lain dari hubungan pada umumnya, dan dapat ditelusuri dari masa di mana masyarakat rumpun Austronesia bermigrasi. Bukti-bukti arkeologi sebelumnya telah mengusulkan argumen bahwa Taiwan adalah tempat bermulanya masyarakat Austronesia, penelitian para pakar menunjukan jalur migrasi bermula dari Taiwan, terlebih dulu mengarah ke kepulauan Filipina, baru kemudian mengarah ke selatan hingga ke Borneo, setelah itu terbagi menjadi dua yaitu mengarah